Cerita berlatar di kota Cheesebridge, sebuah kota yang terobsesi dengan kekayaan dan keju kelas atas. Masyarakat di sana percaya pada legenda menakutkan tentang Boxtrolls—makhluk-makhluk kecil yang memakai kotak kardus sebagai pakaian dan tinggal di bawah tanah. Mereka dituduh telah menculik dan memakan seorang bayi manusia bertahun-tahun yang lalu.
Kenyataannya, Boxtrolls adalah makhluk yang sangat pemalu, kreatif, dan ahli mekanik yang suka mengumpulkan barang rongsokan. Bayi yang "diculik" itu sebenarnya diberikan kepada mereka untuk dilindungi dan kini tumbuh besar sebagai seorang bocah bernama Eggs. Eggs mengira dirinya adalah bagian dari Boxtrolls dan hidup bahagia bersama pengasuhnya yang bernama Fish.
Musuh utama dalam film ini adalah Archibald Snatcher, seorang pembasmi hama yang licik. Ia menyebarkan ketakutan tentang Boxtrolls agar ia mendapatkan Topi Putih (simbol kekuasaan tertinggi di Cheesebridge) dari Walikota Lord Portley-Rind. Snatcher berjanji akan membasmi seluruh Boxtrolls sebagai imbalan untuk masuk ke dalam jajaran elit pecinta keju kota tersebut.
Petualangan dimulai ketika Fish ditangkap oleh anak buah Snatcher. Eggs memberanikan diri naik ke permukaan kota untuk menyelamatkannya. Di sana, ia bertemu dengan Winnie, putri Walikota yang awalnya ketakutan namun kemudian menyadari bahwa Boxtrolls bukanlah monster. Bersama-sama, mereka berusaha mengungkap kebohongan Snatcher dan menyelamatkan komunitas Boxtrolls dari kepunahan.
Plot Twist
- Identitas Eggs: Terungkap bahwa ayah kandung Eggs sebenarnya masih hidup dan disekap oleh Snatcher untuk dipaksa membuat mesin pemusnah Boxtrolls yang besar.
- Kekalahan Snatcher: Meskipun Snatcher berhasil menangkap banyak Boxtrolls, mereka akhirnya belajar untuk tidak bersembunyi di dalam kotak mereka dan melawan balik. Snatcher sendiri tewas setelah memaksakan diri memakan keju yang sangat mewah, padahal ia menderita alergi keju yang parah (tubuhnya membengkak hingga meledak).
- Kedamaian Baru: Kota Cheesebridge akhirnya menerima Boxtrolls sebagai bagian dari masyarakat, dan Eggs bersatu kembali dengan ayahnya.