Cerita dimulai dengan kembalinya Sailor Uranus, Neptune, Pluto, dan Saturn. Mereka yang sebelumnya hidup tenang sebagai keluarga angkat untuk membesarkan bayi Hotaru (Sailor Saturn), menyadari adanya ancaman besar saat gerhana matahari tak kunjung berakhir. Hotaru mengalami pertumbuhan yang sangat cepat dan membangkitkan kembali ingatan serta kekuatan rekan-rekannya, membawa mereka kembali ke Tokyo untuk membantu Sailor Moon.
Sementara itu, kondisi Mamoru (Tuxedo Mask) semakin kritis karena kutukan mawar hitam Nehelenia yang menyerang tubuhnya, yang secara langsung terhubung dengan kesehatan Bumi. Helios mengungkapkan bahwa nasib Bumi dan bulan berada di ambang kehancuran jika Elysion (tanah suci di dalam Bumi) benar-benar dikuasai oleh kegelapan.
Para Guardian bersatu dan menyerbu markas besar Dead Moon. Di sini, terungkap masa lalu tragis Ratu Nehelenia, yang ternyata adalah sosok yang dibuang ke sisi gelap bulan saat pesta kelahiran Putri Serenity di masa lalu. Ia ingin membalas dendam dengan mencuri Kristal Perak dan menjadi penguasa sejati tata surya.
Puncak film terjadi saat kekuatan seluruh Sailor Guardian, termasuk para Outer Guardian, menyatu. Dengan bantuan cinta Mamoru dan kekuatan dari semua planet, Usagi berhasil bertransformasi menjadi bentuk terkuatnya: Eternal Sailor Moon. Dengan kekuatan "Starlight Honeymoon Therapy Kiss," ia memurnikan kegelapan dan menyegel kembali Nehelenia ke dalam cermin kegelapannya selamanya.
Akhir Cerita
- Reuni dan Penobatan: Helios kembali ke bentuk manusianya dan mengungkapkan bahwa Mamoru adalah pemegang Kristal Emas yang dicari-cari selama ini.
- Elysion Pulih: Dengan hancurnya kutukan, Elysion kembali menjadi indah, dan Mamoru serta Usagi secara resmi diakui sebagai calon Raja dan Ratu masa depan (King Endymion dan Neo-Queen Serenity).
- Masa Depan Chibiusa: Chibiusa mendapatkan kristal merah mudanya sendiri dan berjanji akan menjadi Sailor Guardian yang kuat di masa depan, sementara Helios kembali ke tugasnya menjaga dunia mimpi.