Penguins of Madagascar mengikuti aksi empat penguin mata-mata elit—Skipper, Kowalski, Rico, dan Private—dalam misi global untuk menghentikan gurita jahat, Dr. Octavius Brine (Dave), yang ingin memusnahkan semua penguin. Mereka bergabung dengan organisasi rahasia "North Wind" untuk menyelamatkan dunia dengan aksi penuh komedi dan spionase.
- Asal-usul Tim: Cerita menelusuri masa kecil mereka di Antartika, di mana Skipper, Kowalski, dan Rico menyelamatkan sebutir telur yang menetas menjadi Private.
- Musuh Utama: Dave, seorang gurita yang menyamar sebagai ilmuwan manusia Dr. Octavius Brine, menyimpan dendam lama terhadap penguin karena popularitas mereka di kebun binatang, dan merencanakan pemusnahan massal menggunakan Serum Medusa.
- Aliansi North Wind: Tim penguin bekerja sama (dan sering bentrok) dengan "North Wind," organisasi mata-mata hewan elit yang dipimpin oleh Agen Classified (serigala).
- Konflik Internal: Private merasa ingin menjadi anggota tim yang lebih berharga dan diakui, memicu alur emosional cerita.