Madagascar berkisah tentang empat sahabat hewan—Alex si singa, Marty si zebra, Melman si jerapah, dan Gloria si kuda nil—yang hidup nyaman di Kebun Binatang Central Park, New York. Bosan dengan rutinitas, Marty mencoba melarikan diri, memicu serangkaian kejadian yang membuat mereka terdampar di pulau liar Madagaskar setelah diselamatkan dari kargo kapal. Mereka harus beradaptasi dari kehidupan penangkaran yang manja ke alam liar yang sesungguhnya sambil menjaga persahabatan mereka.
- Awal Konflik: Marty merindukan alam liar, sementara Alex menikmati ketenaran di kebun binatang. Upaya pelarian Marty yang diikuti pencarian oleh teman-temannya menyebabkan kepanikan publik.
- Perjalanan ke Madagaskar: Pihak berwenang mengirim mereka ke Afrika, namun aksi komplotan penguin militer menyebabkan peti mereka jatuh ke laut dan terdampar di Madagaskar.
- Kehidupan di Pulau: Mereka bertemu Raja Julien dan para lemur, sambil berjuang melawan kelaparan dan naluri karnivora Alex yang mulai muncul.
- Persahabatan & Kebebasan: Alex akhirnya mengatasi naluri liar untuk memangsa sahabatnya sendiri. Film berakhir dengan mereka belajar arti persahabatan sejati di tengah alam liar, meskipun sebenarnya mereka masih terdampar karena kapal kehabisan bahan bakar.