Her Blue Sky bercerita tentang Aoi, siswi SMA yang bercita-cita jadi musisi bass, yang hidup bersama kakaknya, Akane, setelah orang tua mereka meninggal 13 tahun lalu. Suatu hari, Aoi bertemu Shinnosuke (Shinno) versi remaja (13 tahun lalu) di studio band tua, dan juga Shinno dewasa yang datang kembali ke kota. Shinno muda adalah roh yang muncul karena perasaan terpendamnya pada Akane, sementara Shinno dewasa sudah menjadi gitaris profesional yang arogan, dan Aoi mulai jatuh cinta pada Shinno muda sambil membantu mempertemukan Akane dan Shinno dewasa untuk menyelesaikan penyesalan masa lalu mereka.
Alur Cerita:
- Latar Belakang: 13 tahun lalu, orang tua Aoi dan Akane meninggal. Akane membatalkan pergi ke Tokyo bersama Shinno demi merawat Aoi.
- Pertemuan Tak Terduga: Aoi berlatih bass di studio tua dan bertemu Shinno versi 13 tahun, yang ternyata adalah "roh" (ikiryō) karena perasaan kuatnya pada Akane.
- Shinno Dewasa Datang: Shinno dewasa kembali ke kota sebagai gitaris pendukung musisi terkenal Dankichi. Ia bersikap sombong dan tak lagi sama seperti dulu.
- Misi Shinno Muda: Shinno muda meminta Aoi membantunya menyatukan kembali Akane dan Shinno dewasa, karena ia percaya itu akan mengembalikan dirinya ke wujud Shinno dewasa.
- Dilema Aoi: Aoi jatuh cinta pada Shinno muda, namun harus membantu Shinno dewasa (yang berbeda) dan Akane mengatasi penyesalan masa lalu mereka, sambil berusaha mewujudkan impiannya sendiri.