The Lord of the Rings: The Two Towers mengikuti tiga jalur cerita yang terpisah setelah Persaudaraan terpecah: Frodo dan Sam terus berjalan ke Mordor bersama Gollum, sementara Merry dan Pippin berusaha meyakinkan para Ent untuk ikut berperang. Di sisi lain, Aragorn, Legolas, dan Gimli bersatu dengan Gandalf yang bangkit kembali untuk membantu Kerajaan Rohan melawan pasukan Saruman dalam pertempuran besar di Helm's Deep.
Jalur Frodo dan Sam
- Frodo dan Sam berjalan menuju Mordor untuk menghancurkan Cincin, namun harus menanggung kesulitan di jalan mereka.
- Mereka bertemu dan terpaksa mengandalkan Gollum sebagai pemandu yang licik, yang diam-diam ingin merebut kembali Cincin.
- Gollum berniat mengkhianati mereka dengan membawa mereka ke jalan yang salah, namun terkadang kebaikan yang ada di dalam dirinya mulai bangkit karena kebaikan Frodo.
- Merry dan Pippin melarikan diri dari para Orc dan menemukan Hutan Fangorn, di mana mereka bertemu dengan Treebeard, seorang Ent (makhluk pohon).
- Awalnya enggan untuk ikut campur, para Ent akhirnya memutuskan untuk menyerang Isengard setelah melihat kehancuran yang ditimbulkan oleh Saruman, dan mereka membantu menghancurkan pasukan Saruman.
- Ketiga teman ini bertemu kembali dengan Gandalf yang telah bangkit menjadi Gandalf si Putih.
- Mereka bersatu dengan Raja Théoden dari Rohan untuk mempersiapkan pertahanan melawan pasukan Uruk-hai Saruman.
- Mereka memimpin pertempuran besar di Helm's Deep, meskipun jumlah mereka jauh kalah.
- Pertempuran mencapai puncaknya ketika Gandalf datang bersama pasukan bantuan, dan mereka berhasil mengalahkan pasukan Saruman.