Detective Conan: Zero the Enforcer menceritakan tentang ledakan besar di tempat diadakannya konferensi tingkat tinggi. Kogoro Mouri dituduh sebagai pelaku karena sidik jarinya tertinggal di lokasi kejadian, membuat Conan berhadapan dengan Amuro Tooru (Zero) dari Biro Keamanan Publik. Conan harus berpacu dengan waktu untuk membersihkan nama Kogoro dan mengungkap konspirasi di balik teror tersebut, yang berujung pada konflik dengan Amuro dan ancaman terhadap seluruh Tokyo.
- Ledakan dan tuduhan: Sebuah ledakan terjadi di "Edge of Ocean," lokasi diadakannya konferensi internasional, beberapa hari sebelum acara puncak. Kogoro Mouri kemudian menjadi tersangka utama karena sidik jarinya ditemukan di lokasi, meskipun tidak bersalah.
- Conan vs. Amuro: Conan mencurigai Amuro (Zero) yang memiliki perilaku misterius dan bekerja di balik layar. Conan berusaha membersihkan nama Kogoro, namun ia harus berhadapan dengan Amuro yang tampaknya memiliki agenda tersendiri.
- Konspirasi yang lebih besar: Saat Conan menyelidiki, berbagai terorisme yang terkoordinasi mulai terjadi di sekitar Tokyo. Conan dan pihak kepolisian menyadari ada konspirasi yang lebih besar yang coba dipecahkan.
- Ancaman baru: Di hari puncak konferensi, misi sebuah pesawat luar angkasa dari Mars terancam gagal karena kekacauan yang terjadi. Pesawat tersebut berisiko menabrak gedung yang penuh dengan warga sipil. Conan dan Amuro harus bekerja sama untuk menghentikan bencana tersebut sebelum terlambat.