Detective Conan: Strategy Above the Depths menceritakan kasus pembunuhan di sebuah kapal pesiar mewah, Aphrodite, yang mengundang Conan dan teman-temannya untuk berlayar. Sembilan tahun setelah tenggelamnya kapal milik kelompok Yatsushiro, seorang perancang kapal, Minako Akiyoshi, mengundang beberapa orang ke pelayaran perdana kapal baru mereka. Di tengah perjalanan, serangkaian pembunuhan terjadi, dan Conan harus mengungkap pelaku di balik semua kejadian sebelum kapal tersebut juga tenggelam. Kasus ini juga melibatkan masa lalu dan hubungan antara Ran Mori dan Shinichi Kudo dengan bencana kapal yang terjadi bertahun-tahun sebelumnya.
- Latar Belakang: Kapal pesiar Aphrodite mengadakan pelayaran perdana.
- Insiden: Seorang direktur terbunuh di kamarnya, sementara ayah seorang wanita yang diduga sebagai pelaku, juga ditemukan meninggal.
- Konflik: Conan dan yang lain berusaha memecahkan kasus pembunuhan tersebut. Pelaku memasang bom yang akan meledak saat kapal tenggelam.
- Ancaman: Conan mengetahui bahwa Ran masih berada di dalam kapal yang akan tenggelam.
- Solusi: Conan dan polisi harus memecahkan kasus pembunuhan sebelum kapal tenggelam dan membahayakan semua orang.