Detective Conan: Quarter of Silence bercerita tentang serangan bom di kereta bawah tanah Tokyo yang nyaris menewaskan Gubernur Tokyo. Investigasi Conan mengarah pada kasus lama pembangunan bendungan di desa terpencil Kitanosawa, yang menyebabkan penduduknya harus pindah. Saat Conan dan teman-teman mengunjungi desa tersebut, mereka menemukan rahasia kelam dan dendam yang terpendam terkait peristiwa delapan tahun lalu, yang akhirnya memicu serangkaian kejadian berbahaya lebih lanjut.
- Pengeboman awal: Sebuah insiden pemboman terjadi di hari peresmian jalur kereta bawah tanah Tokyo. Conan menyelamatkan Gubernur Tokyo yang terjebak dalam ledakan tersebut.
- Kaitan dengan bendungan: Setelah meneliti sejarah politik gubernur, Conan menemukan bahwa ia bertanggung jawab atas penghancuran sebuah desa di Niigata untuk membangun Bendungan Kitanosawa.
- Investigasi di Kitanosawa: Conan, Ran, Kogoro, dan yang lainnya pergi ke desa tersebut untuk menyelidiki lebih lanjut, di mana mereka bertemu dengan penduduk yang relokasinya terkait dengan pembangunan bendungan.
- Kasus yang berkembang: Di sana, sebuah pembunuhan terjadi, mengisyaratkan bahwa ada sesuatu yang lebih besar dan lebih jahat di balik serangan bom dan tragedi di desa itu.