Di film Detective Conan: The Lost Ship in the Sky, Conan dan teman-temannya diundang untuk menaiki kapal udara terbesar di dunia bernama Bell Tree, yang akan melakukan perjalanan dari Tokyo ke Osaka. Namun, Kaito Kid berencana mencuri permata bernama "Lady of the Sky" di kapal udara itu, sementara itu kelompok teroris misterius yang menyebut diri mereka "Red Siamese Cat" juga membajak kapal udara untuk menyebarkan virus mematikan. Conan terpaksa bekerja sama dengan Kaito Kid untuk menghentikan teroris dan menyelamatkan para penumpang, termasuk Ran yang terinfeksi virus tersebut.
- Latar: Perjalanan dengan kapal udara terbesar di dunia, Bell Tree, dari Tokyo ke Osaka.
- Tantangan ganda:
- Kaito Kid: Berencana mencuri permata "Lady of the Sky".
- Teroris "Red Siamese Cat": Membまずは (terlebih dahulu) menanam bom di kapal udara dan teroris tersebut menyebarkan virus mematikan.
- Konflik dan kerja sama: Conan harus bekerja sama dengan Kaito Kid untuk menghadapi teroris Red Siamese Cat dan menghentikan penyebaran virus mematikan yang juga mengancam Ran.