Detective Conan: The Last Wizard of the Century bercerita tentang Kaito Kid yang mengincar sebuah telur Faberge yang langka, yang kemudian diikuti oleh serangkaian pembunuhan yang berkaitan dengan harta warisan keluarga kerajaan Rusia dan Rasputin. Conan, bersama Heiji Hattori dan detektif lainnya, harus mengungkap siapa pembunuh berjuluk Scorpion dan menghentikan Kaito Kid dari mencuri telur tersebut.
- Telur langka dan Kaito Kid: Kaito Kid mengumumkan rencananya untuk mencuri telur Faberge baru yang sedang dipamerkan oleh Suzuki Financial Group di Osaka.
- Kegagalan Kid dan pembunuhan: Saat pencurian berlangsung, Kaito Kid gagal dan tampaknya ditembak oleh seorang penembak jitu yang misterius. Namun, kematiannya hanya pura-pura; ia ditembak oleh seorang penembak jitu yang dikenal sebagai Scorpion.
- Kasus pembunuhan dan harta warisan: Kasus pembunuhan terkait harta warisan keluarga kerajaan Rusia yang berhubungan dengan Rasputin muncul, membingungkan semua orang.
- Misteri terungkap: Conan dan timnya harus memecahkan teka-teki di balik telur dan kasus pembunuhan yang rumit ini.
- Identitas pembunuh: Conan menyimpulkan bahwa "Scorpion" adalah Seiran, seorang sejarawan yang ingin membalaskan dendam leluhurnya, Rasputin, yang ditemukan dengan satu mata hilang.
- Klimaks dan resolusi:
- Seiran mencoba membunuh Conan, tetapi gagal karena peluru memantul dari kacamata khusus Conan.
- Conan mengalahkan Seiran dan mengembalikannya ke polisi, sementara Kid membantu menyelamatkan Conan dengan menyamar sebagai Shinichi.
- Terungkap bahwa nenek buyut Natsumi, Maria, adalah anak dari Tsar Nicholas II, dan ia melarikan diri ke Jepang bersama kakek buyut Natsumi yang jatuh cinta padanya.
- Telur pertama dan kedua akhirnya dapat bersatu dan mengungkapkan rahasia mereka.