Detective Conan: Crossroad in the Ancient Capital bercerita tentang pembunuhan berantai yang terjadi di Tokyo, Osaka, dan Kyoto, yang semua korbannya adalah anggota kelompok pencuri Genjibotaru. Conan, Ran, Kogoro, dan Sonoko pergi ke Kyoto untuk mengusut kasus ini dan bertemu dengan Heiji dan Kazuha. Mereka kemudian harus mengungkap misteri sejarah yang tersembunyi di balik kasus pembunuhan yang berkaitan dengan pedang dan patung Buddha kuno.
- Kasus utama: Terjadi serangkaian pembunuhan berantai yang melibatkan korban-korban dari kelompok pencuri bernama Genjibotaru. Kasus ini membawa Conan dan timnya ke Kyoto.
- Pertemuan dengan Heiji dan Kazuha: Di Kyoto, Conan bertemu dengan Heiji Hattori dan Kazuha Toyama. Mereka bergabung untuk menyelidiki kasus tersebut.
- Penyelidikan dan serangan: Dalam penyelidikan mereka, Heiji berulang kali diserang oleh sosok misterius, dan Kazuha diculik.
- Conan berubah menjadi Shinichi: Conan terpaksa menelan pil dari Ai Haibara dan anggur untuk berubah kembali menjadi Shinichi Kudo. Ia kemudian menyamar sebagai Heiji untuk menyelamatkan Kazuha.
- Konfrontasi akhir: Shinichi berhasil menyelamatkan Kazuha, tetapi harus melarikan diri dari pengintaian saat kembali menjadi Conan. Heiji kemudian menghadapi pembunuhnya dan akhirnya kasus pun terpecahkan.