Tomb Raider bercerita tentang Lara Croft, yang bekerja sebagai kurir sepeda di London, karena menolak mengakui ayahnya telah meninggal meskipun ia mewarisi kekayaannya. Rasa ingin tahunya membawanya pada petualangan berbahaya setelah menemukan pesan dari ayahnya yang hilang di pulau terpencil Yamatai, tempat sang ayah menghilang saat meneliti ratu mistis Himiko. Lara harus bertahan hidup dari berbagai rintangan di pulau itu sambil mencari ayahnya dan mengungkap misteri di balik hilangnya sang ayah serta organisasi rahasia yang mengincarnya.
- Awal mula: Lara Croft (Alicia Vikander) adalah seorang gadis muda yang pemberani namun belum terlatih secara profesional. Ia bertahan hidup di London dengan menjadi kurir sepeda dan menolak untuk mengklaim warisan ayahnya, Lord Richard Croft, karena tidak percaya ayahnya telah meninggal.
- Petunjuk dan keberangkatan: Setelah ditangkap polisi akibat kecelakaan sepeda, Lara akhirnya harus mengklaim warisannya. Ia menemukan pesan video dari ayahnya yang ternyata adalah seorang petualang yang menghilang saat meneliti Himiko, ratu Jepang kuno dengan kekuatan mistis.
- Perjalanan ke Yamatai: Lara mengabaikan peringatan ayahnya untuk menghancurkan semua penelitiannya dan pergi ke pulau terpencil di Jepang yang diyakini sebagai lokasi makam Himiko. Di sana ia disewa sebuah kapal untuk membantunya mencapai pulau tersebut.
- Konflik: Sesampainya di Yamatai, Lara dan kru kapal harus menghadapi ancaman dari para anggota organisasi rahasia, Trinity, yang juga berusaha menemukan makam Himiko. Lara bekerja sama dengan Lu Ren untuk mencari ayahnya, namun situasi semakin sulit ketika mereka berdua terperangkap dan dikejar oleh kelompok tersebut.