Paddington in Peru mengisahkan Paddington dan Keluarga Brown yang pergi ke Peru untuk mengunjungi Bibi Lucy, tetapi menemukan bahwa Bibi Lucy telah hilang. Pencarian mereka membawa mereka ke hutan Amazon dan pegunungan Peru, di mana mereka menemukan sebuah kota kuno yang hilang bernama El Dorado. Dalam perjalanan tersebut, Paddington dan keluarga harus mengatasi petualangan dan misteri untuk menemukan Bibi Lucy.
- Tujuan Perjalanan: Paddington menerima surat yang memberitahunya bahwa Bibi Lucy, yang tinggal di rumah pensiun beruang di Peru, telah menghilang secara misterius. Ini menjadi alasan bagi Paddington dan Keluarga Brown untuk melakukan perjalanan ke kampung halamannya.
- Pencarian di Peru: Setibanya di Peru, mereka mengetahui bahwa Bibi Lucy benar-benar hilang dan hanya meninggalkan petunjuk seperti gelang dan kacamatanya.
- Petualangan Menuju El Dorado: Keluarga Brown dan Paddington menyewa perahu untuk menyusuri sungai dan mengikuti petunjuk yang mengarahkan mereka pada penemuan kota kuno El Dorado, yang ternyata menjadi kunci hilangnya Bibi Lucy.