Maya and the Three menceritakan tentang Maya, seorang putri prajurit yang bersemangat, yang memulai misi untuk menyelamatkan umat manusia dari dewa-dewa yang pendendam. Pada ulang tahunnya yang ke-15, dewa-dewa dunia bawah mengumumkan bahwa ia harus dikorbankan untuk membayar kesalahan keluarganya. Untuk menghindari hal ini, Maya harus menemukan tiga prajurit yang diramalkan akan membantunya mengalahkan para dewa.
- Konflik awal: Maya, seorang putri prajurit di kerajaan Teca, merasa tidak senang dengan nasibnya yang akan menjadi diplomat karena saudara-saudaranya bisa menjadi prajurit. Situasi menjadi genting saat dewa-dewa dunia bawah muncul dan menyatakan bahwa ia harus dikorbankan jika tidak ingin dunia dihancurkan.
- Petualangan Maya: Untuk menyelamatkan dunia, Maya harus mencari tiga prajurit yang diramalkan. Dia memulai perjalanan epik, dan segera bertemu dengan sekutunya: Chimi sang Prajurit Tengkorak, Rico sang Penyihir Ayam Jantan, dan Picchu sang Puma Barbar.
- Perjuangan melawan para dewa: Bersama ketiga prajurit itu, Maya harus menghadapi Lord Mictlan, penguasa dunia bawah yang haus darah. Pertempuran menentukan pun terjadi di Teca, yang akan menentukan nasib umat manusia.