Dune: Part Two bercerita tentang perjuangan Paul Atreides yang bersatu dengan suku Fremen di planet Arrakis untuk membalaskan dendam atas kehancuran keluarganya. Ia berjuang melawan House Harkonnen dan Kaisar Shaddam IV, belajar menjadi pemimpin Fremen yang diyakini sebagai nabi (Lisan al-Gaib), dan harus memilih antara cinta sejatinya dengan Chani dan takdir alam semesta yang mengerikan.
- Awal cerita: Film dimulai dengan Paul Atreides dan ibunya, Lady Jessica, yang berhasil selamat dari serangan House Harkonnen dan mengungsi ke Arrakis. Mereka bergabung dengan para Fremen yang dipimpin oleh Stilgar.
- Bergabung dengan Fremen: Paul dan Jessica dicurigai, namun ramalan tentang kedatangan seorang juru selamat membuat beberapa Fremen percaya kepada mereka. Paul mulai beradaptasi dengan kehidupan gurun dan menjalani berbagai misi dengan pasukan Fremen, bahkan berhasil menunggangi cacing gurun raksasa.
- Menjadi Muad'Dib: Setelah membuktikan diri, Paul diberi nama suku "Muad'Dib" dan bersumpah akan membalas dendam terhadap Harkonnen.
- Peran Lady Jessica: Jessica juga menjalankan peran spiritualnya dengan memperkuat agama Fremen di sekeliling Paul, yang secara tidak langsung mendorong Paul untuk menjadi mesias.
- Perkembangan alur: Sementara Paul semakin kuat, ia harus bergulat dengan pilihan yang sulit. Ia menjalin hubungan dengan Chani, namun juga dihadapkan pada ramalan tentang perang suci yang mungkin akan terjadi jika ia melanjutkan takdirnya.
- Ancaman baru: Di pihak Harkonnen, Baron Vladimir Harkonnen mengganti keponakan lamanya, Rabban, dengan Feyd-Rautha yang kejam sebagai pemimpin baru di Arrakis.
- Konflik besar: Paul harus menghadapi persaingan, rasa tidak percaya, dan ketakutan akan konsekuensi tindakannya demi melindungi rakyatnya dan masa depan alam semesta.